Od 1863 kościołem opiekują się księża misjonarze, a w dawnym klasztorze mieściła się administracja szpitala uniwersyteckiego.

Szpital uniwersytecki w 2019 sprzedał część swoich nieruchomości miastu Kraków, a rada miasta zdecydowała o przeniesieniu własności gruntów i budynków, wśród których był kościół Niepokalanego Poczęcia, aportem do spółki miejskiej Agencji Rozwoju Miasta Krakowa.

W kościele sprawowane są msze św. w klasycznym rycie rzymskim. Duszpasterstwo wiernych tradycji łacińskiej prowadzone jest przez księży Bractwa Kapłańskiego Świętego Piotra.

Wygląd i wnętrze Kościół jest budowlą barokową, nawiązuje do rzymskiej fasady kościoła karmelitańskiego Santa Maria della Scala. Fasadę wieńczy trójkątny szczyt z rzeźbą N. M. Panny pośrodku oraz z figurami św. Teresy z Ávili i św. Jana od Krzyża w narożnikach. Od strony prezbiterium przylegają dwie wieże których budowę ukończono w 1680, zakończone hełmami projektu Karola Zaremby z 1885.