II wojna światowa W listopadzie 1939 roku stanowisko szefa MI6 objął gen. mjr Stewart Menzies. Wcześniej nadzorował on przejęcie od polskiego Biura Szyfrów podczas konferencji w Pyrach pod Warszawą w lipcu 1939 roku egzemplarzy Enigmy wraz z materiałami do kryptoanalizy. Na ich podstawie ośrodek w Bletchley Park prowadził łamanie niemieckich szyfrów, a uzyskiwane dzięki temu odszyfrowane informacje, oznaczane kryptonimem Ultra, zaopatrywały aliantów w dane o zamiarach III Rzeszy.
Incydent w Venlo Początek kadencji Menziesa nie był udany. 9 listopada 1939 roku z holenderskiego Venlo przy granicy z III Rzeszą zostali podstępnie porwani dwaj oficerowie MI6, kpt. Sigismund Payne Best oraz mjr Richard Stevens. Porwania dokonali funkcjonariusze SD pod kierownictwem Waltera Schellenberga, którzy wcześniej podawali się za niemieckich spiskowców planujących obalenie Adolfa Hitlera. Przesłuchiwani oficerowie ujawnili znaczną część europejskiej siatki MI6.
Współpraca z innymi służbami W czasie wojny SIS ściśle współpracowała z innymi służbami brytyjskimi, m.in. z MI5 i Special Operations Executive (SOE), a po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do wojny pomagała szkolić personel amerykańskiego Biura Służb Strategicznych (OSS), z którego następcą, CIA, współpracuje do dziś.