Z powodu Jego pozycji w świecie międzynarodowym Dyrektor Europejskiego Biura Światowej Organizacji Zdrowia w Kopenhadze powołał go w latach 1994–2016 na Dyrektora Collaborative Center Światowej Organizacji Zdrowia.
Jego zainteresowania naukowe są bardzo szerokie i obejmują biochemię molekularną (metabolizm krwinki czerwonej), informatykę medyczną (komputerowa rejestracja nowotworów złośliwych), epidemiologię opisową analityczną i kliniczną, choroby wewnętrzne, badania populacyjne retrospektywne i prospektywne przede wszystkim nowotworów, ale także schorzeń kardiologicznych i chorób alkoholowych (alkoholowa marskość wątroby) i epidemiologię zdrowia publicznego w Polsce i w Europie (patrz spis publikacji).
Największą część swojego życia naukowego poświęcił zapobieganiu rakowi płuca i innym chorobom tytoniowym. Przyczyną zainteresowania tymi problemami zdrowotnymi były doświadczenia młodego lekarza chorób wewnętrznych obserwującego gwałtowny wzrost zachorowań i umieralności na raka płuca, najpierw wśród mężczyzn, a później wśród kobiet. Badania profesora Zatońskiego udowodniły, że także w Polsce gwałtowny wzrost częstości palenia po II wojnie światowej doprowadził do epidemii tych schorzeń. Po postawieniu diagnozy epidemiologicznej, od początku lat 90.