— Cerkiew autonomiczna, wchodząca w skład Patriarchatu Moskiewskiego. Skupia około 30 tysięcy wiernychFew Japanese wish to baptize, the country's Orthodox leader regrets, zamieszkujących na terenie Japonii.
Historia Prawosławie w Japonii pojawiło się w XIX wieku wraz z rosyjskimi dyplomatami i handlowcami. W 1859 otworzono w Hakodate pierwsze przedstawicielstwo dyplomatyczne Cesarstwa Rosyjskiego w Japonii. Kapelanem konsulatu mianowano hieromnicha Mikołaja (Kasatkina). Głównym jego zadaniem miała być duszpasterska opieka nad personelem placówki, ale wkrótce rozpoczął nieoficjalną misję.
W 1870 władze japońskie wyraziły zgodę na prowadzenie oficjalnej misji. Wówczas Synod Kościoła Rosyjskiego 6 kwietnia 1870 zdecydował erygować rosyjską misję duchowną w Japonii. Głównym jej organizatorem zostaje hieromnich Mikołaj, wkrótce podniesiony do godności archimandryty. Przetłumaczono na język japoński Pismo Święte, Liturgię i inne księgi liturgiczne.
W 1873 zostały uchylone wszystkie zakazy wobec misji, co w znacznym stopniu zdynamizowało jej rozwój. W 1875 wyświęcono na kapłana pierwszego Japończyka, Pawła Sawabe. 30 marca 1880 Synod Kościoła Rosyjskiego podjął uchwałę o powołaniu misyjnego biskupa dla Japonii. Pierwszym biskupem został archimandryta Mikołaj. W 1906 podniesiony do godności arcybiskupa.