W latach 1995–1998 festiwal nosił podtytuł „Muzyka i sztuki piękne”. W 1996 roku organizatorem festiwalu został Państwowa Instytucja Kultury „Wratislavia Cantans” Międzynarodowy Festiwal Muzyka i Sztuki Piękne, a kierownictwo festiwalu zostało podzielone pomiędzy dwie osoby: dyrektora generalnego i dyrektora artystycznego. Dyrektorem generalnym została Lidia Geringer de Oedenberg, a dyrektorami artystycznymi za jej kadencji byli: od 1997 roku Ewa Michnik, od 2002 roku Mariusz Smolij, a od 2004 roku Jan Latham Koenig. Lidia Geringer de Oedenberg zainicjowała współpracę z wieloma dolnośląskimi miastami, aby organizować koncerty festiwalowe poza Wrocławiem. W 2005 roku dyrektorem generalnym festiwalu został Andrzej Kosendiak, a dyrektorem artystycznym Paul McCreesh. W 2014 roku instytucje Międzynarodowy Festiwal Wratislavia Cantans oraz Filharmonia Wrocławska im. Witolda Lutosławskiego zostały połączone w jedną instytucję kultury Narodowe Forum Muzyki im. Witolda Lutosławskiego, które od tego momentu jest organizatorem festiwalu. Od 2013 roku dyrektorem artystycznym Wratislavii jest Giovanni Antonini, włoski instrumentalista i dyrygent, twórca i szef orkiestry barokowej Il Giardino Armonico.