11 września 1939 został aresztowany przez Gestapo wraz z wszystkimi księżmi ze swojej parafii. Następnego dnia niemal wszystkich zwolniono, jedynie ks. S. W. Frelichowski przebywał w więzieniu przez kilka kolejnych dni. Prawdopodobną przyczyną tego była jego przedwojenna działalność w harcerstwie i silny wpływ na młodzież. Od 17 do 21 października nastąpiły dalsze masowe aresztowania Polaków w Toruniu. Ks. Frelichowski został ponownie aresztowany 18 lub 19 października 1939 roku. Został osadzony w Forcie VII Twierdzy Toruń.
10 stycznia 1940 został przewieziony do obozu przejściowego w Gdańsku-Nowym Porcie. Po kilku dniach trafił do obozu koncentracyjnego w Stutthofie, gdzie przebywał do kwietnia 1940. Następnie przez krótki okres pracował w żwirowni w Grenzdorfie.
10 kwietnia 1940 został wywieziony do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. Tam został skierowany do pracy w kostnicy. Ze względu na swoją postawę był tam szczególnie szykanowany przez służbę obozową. 14 grudnia 1940 został przeniesiony do obozu w Dachau. Trafił do bloku 30, otrzymał numer obozowy 22492.