W latach 80. stał się głównym przywódcą demokratycznej opozycji przeciw dyktatorskim rządom prezydenta André Kolingby. W marcu 1982 dokonał przeciw Kolingbie nieudanego zamachu stanu. Po tych wydarzeniach uciekł do Togo, skąd kontynuował działalność opozycyjną.
W 1993 Kolingba pod naciskiem międzynarodowej opinii publicznej zgodził się na demokratyczne reformy oraz na przeprowadzenie pierwszych w historii kraju wolnych wyborów prezydenckich. Zwycięzcą wyborów został Patassé i 22 października 1993 objął stanowisko prezydenta. W krótkim czasie również i on doprowadził swoimi działaniami do powstania potężnej opozycji wobec swoich rządów. Doprowadziło to do buntu armii i nieudanego zamachu stanu w maju 2001, na czele którego stał były prezydent Kolingba. Patassé został odsunięty od władzy w wyniku kolejnego zamachu stanu z marca 2003. Podczas pobytu Patassé na konferencji w Nigrze rebelianci opanowali lotnisko w stolicy kraju, Bangi; co uniemożliwiło mu powrót. Na czele rewolty stał dawny współpracownik Patasségo François Bozizé, który przejął władzę w kraju i został nowym prezydentem.