Rozpościerały się tu liczne jeziora, otoczone bujnymi lasami subtropikalnymi, w których żyło mnóstwo gatunków zwierząt i roślin.
Skamieniałości z Messel zawdzięczają swoją niespotykaną jakość szczególnym procesom osadowym zachodzącym w eoceńskim jeziorze Messel. Podczas gdy górne wody jeziora zapewniały doskonałe środowisko życia dla wielu organizmów, przy dnie zbiornika występowały znaczne niedobory tlenu. Brak tlenu powstrzymywał rozkład martwych tkanek. W połączeniu z relatywnie niską stopą akumulacji (0,1 mm na rok), zapewniło to doskonałe warunki dla konserwacji szczątków flory i fauny, które opadały na dno jeziora na przestrzeni miliona lat.
Kopalnia W kopalni Messel wydobywano łupki bitumiczne, rudę żelaza oraz węgiel brunatny. Po jej zamknięciu pod koniec lat 60., planowano urządzić tu wysypisko śmieci. Protesty naukowców oraz mieszkańców wymusiły zmianę planów. Na rzecz stanowiska paleontologicznego angażował się ówczesny minister ochrony środowiska Hesji Joschka Fischer. Jego imieniem nazwano wymarłego węża Palaeopython fischeri.
Kopalnia w Messel została objęta ochroną jako pomnik przyrody, a w 1995 wpisano ją na listę dziedzictwa kulturowego UNESCO.