W skład Zarządu TKN wchodzili: prezes Piotr Drzewiecki (1916–1919), wiceprezes Stanisław Kontkiewicz (1916–1918), potem Edmund Jankowski (1918–1919), sekretarz Seweryn Smolikowski (1916–1918) potem Ryszard Błędowski (1918–1919), skarbnik Jan Sosnowski (1916–1918) potem Stefan Benzeff (1918–1919) oraz pięciu członków: w latach 1916–1918 Feliks Ochimowski, Konrad Olchowicz, Stanisław Orłowski, Ignacy Radziszewski, Henryk Czopowski, oraz potem w latach 1918–1919 Stanisław Kalinowski, Stanisław Kontkiewicz, Stanisław Glixelli, Stanisław Słoński, Wincenty TrojanowskiSprawozdanie z działalności Wolnej Wszechnicy Polskiej w latach 1916/17–1918/19, Warszawa 1919 Podlaska Biblioteka Cyfrowa – wersja elektroniczna.. Gremium to zajmowało się przede wszystkimi kwestiami organizacyjnymi i finansowymi.
Sprawami naukowymi i dydaktycznymi kierował rektor wraz z Senatem WWP. W tym czasie funkcję rektora pełnili: Alfred Sokołowski (1916–1918) i Ludwik Krzywicki (1918–1919), Prorektorami byli Ludwik Krzywicki (1917–1918) i Ignacy Matuszewski (1918–1919) zaś sekretarzami Senatu: Ksawery Gnoiński (1916–1917), Wacław Radecki (1917–1918) i Ryszard Błędowski (1918–1919).