Berezynę wojska niemieckie zajęły w sierpniu 1941 roku. W tym samym miesiącu hitlerowcy zamordowali 250 mężczyzn i chłopców żydowskich. Niemcy dla reszty Żydów z Berezyny i okolicznych miejscowości utworzyli getto. 25 grudnia 1941 do Berezyny przybył 12 batalion policji i służb pomocniczych dowodzony przez Antanasa Impulevičiusa. Następnego dnia, 26 grudnia 1941 Niemcy z pomocą kolaborantów litewskich przystąpili do likwidacji getta. Nikomu nie okazywano litości – ani osobom starszym, ani dzieciom, ani kobietom w ciąży, ani chorym. Każdy, kto stawiał opór, został rozstrzelany na miejscu, zgodnie z rozkazem Impulevičiusa. Zamordowano około 940 Żydów.
Po zakończeniu wojny wielu Żydów którzy uciekli z Berezyny, lub walczyli w partyzantce powróciło do miasta. W latach 50 XX wieku w Berezynie mieszkało kilkuset Żydów.
W latach 1950–1990 społeczność żydowska stopniała do kilkunastu osób, część wyjechała do większych miast, a część wyemigrowała do Izraela i USA.
W 1999 roku zdewastowany został cmentarz żydowski, zniszczono 48 macew.