Czasami jednak pokazywał też drugą, ciemną stronę swojej natury manipulując swoimi towarzyszami i ludźmi wokoło dla własnej korzyści (co widać w The Tomb of the Cybermen i The Evil of the Daleks).
Gerry Davis opuścił program pod koniec czwartego sezonu i został zastąpiony przez Petera Bryanta. Kilka miesięcy później, Lloyd także odszedł, a Bryant został wybrany na nowego producenta. Przełożonym Bryanta i redaktorem został Derrick Sherwin (chociaż wcześniej to Victor Pemberton uzupełniał pracę Bryanta dotyczącą historii The Tomb of the Cybermen).
Troughton pozostał w serialu przez trzy sezony i ostatecznie opuścił serial w 1969, podając, że jest zmęczony nawałem pracy w regularnej serii. Przez ten czas oglądalność Doctora Who znacznie spadła, ale nowy redaktor Terrance Dicks zaprzeczył pogłoskom, że odbywają się jakieś rozmowy nad zakończeniem serialu na szóstym sezonie w 1969 (pomimo że jego słów nie potwierdzili Bryant, Sherwin i dyrektor David Maloney, a dokumentacja sugerowała, że byłoby to możliwe w razie problemów z serią pod koniec siódmego sezonu po roku 1970).