Latem 2005 Pogatetz trafił do angielskiego Middlesbrough. W Premier League zadebiutował 28 sierpnia w przegranym 0:3 meczu z Charlton Athletic. Z drużyną Boro wystąpił w Pucharze UEFA, ale w spotkaniu z FC Basel doznał złamania nosa, szczęki i kości policzkowej w wyniku zderzenia z Mladenem Petriciem, w wyniku którego nie wystąpił do końca sezonu, w tym także przegranym finale tego pucharu z Sevillą (0:4). Natomiast w sezonie 2006/2007 był już pewnym punktem zespołu i wystąpił w niemal wszystkich ligowych meczach, zdobywając 2 gole (z Chelsea F.C. oraz Tottenhamem) i zajmując 12. miejsce w lidze. W następnym sezonie był podstawowym zawodnikiem klubu. W 2009 roku spadł z Middlesbrough do League Championship.
W 2010 roku Pogatetz trafił do Hannoveru. Natomiast dwa lata później został zawodnikiem VfL Wolfsburg. W 2013 roku był z niego wypożyczony do West Ham United. W sezonie 2013/2014 występował 1. FC Nürnberg. W 2014 roku wyjechał do Stanów Zjednoczonych by grać w Major League Soccer w klubie Columbus Crew. W 2016 roku wrócił do Niemiec i sezon 2016/2017 spędził w Union Berlin. Latem 2017 trafił do LASK Linz.