Sułtan Al-Aszraf Chalil aby uniknąć błędu Saladyna i zapobiec próbom powrotu chrześcijan, rozkazał zrównać miasto z ziemią. Na jego miejscu powstała niewielka osada handlowa pozbawiona jakichkolwiek fortyfikacji. Istnieją dowody, że w XIV wieku utrzymywała ona kontakty handlowe z innymi miastami. W 1517 roku Akka znalazła się pod panowaniem Imperium Osmańskiego. Nie zmieniło to jednak sytuacji miasta, które stopniowo pogrążało się w coraz większej ruinie. W 1775 roku jego następcą został turecki oficer Jezzar Pasza, który wykorzystując zyski z handlu wybudował obecne mury miejskie, szereg budynków użyteczności publicznej, wodociąg i meczet Ahmeda al-Jazzara. Większość budynków dzisiejszego starego miasta pochodzi z okresu jego władzy.
Podczas wyprawy Napoleona do Egiptu, Bonaparte w styczniu 1799 roku wkroczył ze swoimi wojskami do Palestyny. Usiłując wywołać syryjskie powstanie przeciwko Turkom, Napoleon rozpoczął 20 marca 1799 roku oblężenie Akki. Obrońcy otrzymali jednak pomoc brytyjskiej marynarki i Francuzi po kilku próbach szturmu musieli 21 maja ustąpić i wycofać się do Egiptu. Dalszy pomyślny rozwój Akki, gwarantowany przez jej lokalnych władców, trwał do 1831 roku. Stało się to za sprawą osmańskiego oficera Muhammada Ali, który po wyparciu wojsk francuskich został gubernatorem Egiptu.