Natomiast dwie kwatery oryginalnych witraży znajdują się w Muzeum Narodowym w Poznaniu.
W ściany i filary kościoła wmurowywano kamienne i drewniane epitafia bogatych mieszczan brzeskich. Pod koniec XIX wieku nadbudowano wieże kościoła jako odpowiedź na podwyższenie wież w katolickiej świątyni Podwyższenia Krzyża Świętego.
Organy mały|Organy Pierwszy, 30-głosowy instrument w kościele św. Mikołaja pochodził z połowy XV wieku. W latach 1724–1730 Zastąpiono go wybudowanym przez Michała Englera organami o 56 głosach. W latach 1926–1928 przeprowadzono ich modernizację. Ostatecznie organy zostały zdemontowane na przełomie 1944 i 1945 roku, niestety po instrumencie ślad zaginął. Obecne organy zostały zbudowane przez braci Broszko z Bolesławca w 1986 roku. Instrument zarówno brzmieniowo, jak i architektonicznie nie nawiązuje do konkretnej epoki. Na przełomie 2007 i 2008 roku zakończył się remont organów.