Historia thumb|Agra w 1858 r. Agra została założona na przełomie V i VI wieku. W 1501 Sikandar Lodi - władca sułtanatu delhijskiego – przeznaczył Agrę na nową stolicę swojego państwa. Gdy w 1526 w bitwie pod Panipatem wojska sułtanatu delhijskiego zostały rozgromione przez najeźdźców z Azji Środkowej, ich władca - Babur - założyciel muzułmańskiej dynastii Wielkich Mogołów, ustanowił w Agrze stolicę swego państwa, utworzonego na podbitych terenach północnych Indii. Najwybitniejszy władca dynastii Wielkich Mogołów - Akbar, rządzący w latach 1556-1605, rozpoczął w 1565 budowę fortu i uczynił go siedzibą władzy, a Agrę - najważniejszym miastem rosnącego w siłę imperium. Tu ogniskowało się życie polityczne, gospodarcze i kulturalne państwa Wielkich Mogołów. Wznoszono liczne reprezentacyjne budowle: pałace, meczety i mauzolea.
Liczbę ludności miasta, przemianowanego dla uczczenia władcy na Akbarabad, szacowano na początku XVII w. na 750 tys. Była to więc jedna z największych metropolii ówczesnego świata. Z fortem sąsiadowała dzielnica rzemiosł i bazarów Kinari Bazaae, dokąd sprowadzano towary także z Persji i Chin. Oprócz meczetów funkcjonowały świątynie hinduskie, buddyjskie, wyznawców dźinizmu, zoroastrian, a także prowadzony przez Jezuitów kościół katolicki.