Gdy książę zdecydował się wracać do Niemiec, Charbonneau został nad Missouri.
Traper i przewodnik W początku lat trzydziestych XIX wieku Charbonneau pracował jako traper dla Amerykańskiej Kompanii Futrzarskiej na obszarze dzisiejszych stanów Utah i Idaho. Wziął udział w sławnym zjeździe handlarzy futer, traperów i Indian nad rzeką Green w lecie roku 1833. Jako traper poznał i zaprzyjaźnił się z takimi ludźmi jak Joseph L. Meek, James Beckwourth i James Bridger.
Z końcem lat trzydziestych handel skórkami bobrowymi przestał przynosić dochody, w związku z czym Charbonneau zaczął wynajmować się jako przewodnik podróżnikom i kolonistom wędrującym na zachód. W roku 1840 jako jeden z pierwszych przywiózł do St. Louis transport skór i suszonych języków bizonich.
W roku 1843 wynajął go, jako przewodnika, szkocki myśliwy-arystokrata, sir William Drummond, z którym odbył wyprawę przez dzisiejsze stany Wyoming i Utah, docierając do dzisiejszego parku narodowego Yellowstone. Brał udział w założeniu Fortu Vasquez w miejscu, gdzie za 20 lat miało powstać miasto Denver.