W 1995 roku Meijer został zawodnikiem niemieckiego KFC Uerdingen 05. W Bundeslidze zadebiutował 11 sierpnia w zremisowanym 0:0 meczu z VfB Stuttgart. W Uerdingen był najskuteczniejszym zawodnikiem zdobywając 11 goli, ale zespół ten zajął ostatnie miejsce i spadł z ligi. Po dobrym sezonie Meijer przeszedł do Bayeru 04 Leverkusen. Został partnerem Ulfa Kirstena w ataku. W 1997 roku wywalczył z Bayerem wicemistrzostwo Niemiec, a sukces ten powtórzył także w 1999 roku, a w 1998 zajął 3. miejsce. W Leverkusen spędził 3 lata i przez ten okres rozegrał 84 mecze i strzelił 16 goli.
W 1999 roku Meijer wyjechał do Anglii i podpisał kontrakt z tamtejszym Liverpoolem. Przez półtora roku pobytu w „The Reds” rozegrał zaledwie 23 mecze i nie zdobył żadnego gola. Nie wygrał rywalizacji z takimi zawodnikami jak Robbie Fowler czy Michael Owen, a po latach uznano go za jeden z największych niewypałów transferowych Liverpoolu, pomimo że był uwielbiany przez kibiców klubu. Część sezonu 2000/2001 Meijer spędził w Preston North End, a zimą wrócił do Niemiec i przez 2 i pół roku grał w Hamburger SV, z którym nie osiągnął większych sukcesów, poza 4. miejscem w sezonie 2002/2003.