Linie wzięły również udział w procesie projektowania modelu Boeing 777.
W 2001 Grupa Japan Airlines (połączenie Japan Airlines z Japan Air System) osiągnęła status szóstej co do wielkości linii lotniczej na świecie, pod względem ilości przewiezionych pasażerów.
W 2004 JAL zmieniły nazwę na Japan Airlines International.
1 kwietnia 2007 linie dołączyły do sojuszu Oneworld razem z węgierskim Malevem i Royal Jordanian.
Na przełomie lat 2009 i 2010 okazało się, że Japan Airlines mają poważne kłopoty finansowe. 19 stycznia 2010 przewoźnik złożył wniosek o ogłoszenie bankructwa. Dzięki temu posunięciu linie liczyły na pomoc finansową w wysokości 300 mld jenów oraz umorzenie długów o wartości 730 mld jenów. W zamian miały obniżyć swój kapitał do zera, zlikwidować nierentowne połączenia i zredukować o ok. jedną trzecią liczące 47 tys. osób zatrudnienie.
Powiązania JAL Group
Japan Airlines jest głównym podmiotem w Grupie JAL, skupiającej ponadto 7 mniejszych przewoźników. Według stanu na marzec 2025 flota Grupy składała się z 233 samolotów o średnim wieku 11 lat.