Zgodnie z konstytucją z 1978 (przyjętą w referendum dopiero w 1989) oficjalna nazwa kraju brzmiała Federalna Islamska Republika Komorów. W 1997 doszło do secesji wysp Anjouan (Ndzuwani) i Mohéli (Mwali). Pod władzą rządu znajdowała się tylko wyspa Wielki Komor. W referendum w grudniu 2001 roku mieszkańcy opowiedzieli się za zmianą dotychczasowego ustroju państwa. Zgodnie z przyjętą w 2002 nową konstytucją, państwo jest federacją samorządnych wysp Wielki Komor, Anjouan i Mohéli. Od czasu uzyskania niepodległości Komory nękane były wieloma (zarówno udanymi jak i nieudanymi) zamachami stanu.
W 2008 roku sytuacja ponownie się zaogniła. Rebelianci z samozwańczym prezydentem Mohamedem Bacarem zbuntowali się przeciwko rządowi federalnemu. Powodem secesji była nieuznanie wyników wyborów na Anjouan z 2007 roku. Unia Afrykańska oraz rząd centralny uznały, że Bacar je sfałszował. Wojska rządowe wraz z kontyngentem z Tanzanii i Senegalu 25 marca 2008 roku przeprowadziły inwazję na wyspę i ją opanowały. Przywódcy buntowników opuścili zdobytą stolicę, w walkach zginęło co najmniej 11 osób.