Protektorat papieski nad sanktuarium zapoczątkował Aleksander IVSaturnino Mencherini (pod red.), L'Appenino Serafico. Belezze e glorie della Verna, Società Tipografica «Leonardo da Vinci», Città di Castello, str. 269.. Pierwszy kościół był konsekrowany w obecności generała franciszkanów Bonawentury z Bagnoreggio i kilku biskupów, co podniosło rangę nowej świątyni. Kilka lat później wybudowano Kaplicę Stygmatyzacji w pobliżu miejsca, w którym się ona dokonała. Za budowę zapłacił hrabia Simone da Battifole. Budowę bazyliki rozpoczęto w 1348. Ukończona została w 1459.
Klasztor franciszkanów został częściowo zniszczony przez pożar w połowie XV wieku. Zakonnicy byli dwukrotnie wyrzucani w 1818 i 1866, kiedy to zgromadzenia zakonne ulegały kasacie. W czasie ostatnich wojen światowych sanktuarium było też sprofanowane. Obecnie na La Verna ponownie mieszkają franciszkanie.
Architektura i sztuka thumb|200px|Zwiastowanie, ceramika Andrei della Robbia