Jana Pawła II przed Bazyliką
Dzieje kościoła po II wojnie światowej 30 marca 1945 roku Gdańsk został zdobyty przez wojska radzieckie i polskie. Rosjanie traktowali te tereny jako tereny niemieckie, dlatego przez kolejne trzy tygodnie dewastowali, plądrowali i palili mieszkania i budynki, w tym kościoły i świątynie zarówno katolickie, jak i protestanckie. Jedynym kościołem, który nie uległ dewastacji, był kościół św. Mikołaja. Żołnierze Armii Czerwonej, już po wyzwoleniu, poważnie uszkodzili kościół św. Brygidy, w wyniku czego pozostały po nim mury i część sklepienia nad prezbiterium. Zawaleniu uległa znaczna część dachu i sklepienie, zwłaszcza w nawie północnej i południowej. Bardzo poważnie zniszczono wyposażenie wnętrza. Dzieła zniszczenia dopełniły pożary w 1957 i w 1969 roku. W takim stanie ruiny kościoła niszczały do 1970 roku.