Sytuacja zakonu po rozbiorach Polski thumb|Nawa południowa z wieżą Wraz z rozbiorami Polski zmieniła się sytuacja zakonu. Prusy wchłonęły Gdańsk po II rozbiorze, zagarnęły majątek zakonu św. Brygidy, ograniczając zarazem przyjmowanie nowicjuszek. Z czasem całkowicie zabroniono przyjmowania do nowicjatu nowych kandydatek. Spowodowało to znaczące zmniejszenie liczby sióstr w zakonie, a klasztor i tym samym kościół, zaczął ulegać stopniowej dewastacji.
Do dewastacji przyczyniały się działanie związane z kampanią rosyjską wojsk napoleońskich z 1807 roku. Wojsko francuskie zajęło wszystkie pomieszczenia zakonne sióstr brygidek i zakonników brygidianów, przekształcając je na koszary, w kościele zaś utworzono fabrykę zbrojeniową. W tym okresie zginęło z kościoła wiele drogocennych przedmiotów, ozdób i paramentów liturgicznych. Siostry zostały zmuszone do opuszczenia klasztoru na czas pobytu żołnierzy wojsk napoleońskich. Po powrocie nie dane było długo się cieszyć życiem zakonnym, ponieważ na mocy rozporządzenia króla Prus Fryderyka Wilhelma III w 1817 roku nastąpiła sekularyzacja gdańskiego klasztoru św. Brygidy. Decyzja króla pruskiego oznaczała, że po śmierci ostatniej z żyjących zakonnic klasztor przejdzie na własność rządu pruskiego.