Większość odkryć miała miejsce w rejonie wyspy nazywanym „Sercem Borneo”. Ten górski obszar o powierzchni 220 tys. km² porasta las równikowy. Jego obszar kurczy się w zastraszającym tempie. Obecnie tylko połowę powierzchni Borneo pokrywają lasy. Jeszcze 25 lat temu równikowa puszcza zajmowała 75% obszaru wyspy.
Wylesienie Borneo: 1950 – ok. 90% powierzchni Borneo stanowiły lasy 1985 – 73,7% 2000 – 57,5% 2005 – 50,4% 2010 – 44,4% 2020 – 32,6% (prognoza)
W 2007 rządy Indonezji, Brunei i Malezji zdecydowały się na ochronę tzw. Serca Borneo, obszaru wynoszącego w przybliżeniu 220 tys. km², i na wymienionym obszarze nie będzie można prowadzić wyrębu oraz zrezygnowano z zakładania kolejnych plantacji.
Historia Od I wieku n.e. istniało tu państwo Indusów. W XIII wieku teren wyspy zajmowały liczne małe państwa muzułmańskie. W 1521 roku na Borneo osiedlili się Portugalczycy, wyparci następnie przez Holendrów. W 1847 roku wyspę częściowo zajęli Brytyjczycy, tworząc na pobliskiej wysepce Labuan swoją bazę. W czasie II wojny światowej, w marcu 1942 roku, wyspa została zajęta przez Japończyków. Obecnie była holenderska część wyspy to tereny indonezyjskie, a była brytyjska – malezyjskie.