Efekty niepożądane: minusem stosowania naturalnych herbicydów jest ich nieselektywna aktywność, sprawiająca, że wykazują one efekt toksyczny w stosunku do wielu roślin, nie tylko chwastów synteza naturalnych herbicydów na skalę przemysłową jest bardzo kosztowna, zaś okres półtrwania tych związków w środowisku jest relatywnie krótki, a ponadto część allelopatin może wykazywać działanie toksyczne lub nawet rakotwórcze dla ludzi wiele spośród znanych allelopatin jest też silnymi alergenami, wywołującymi poważne dermatozy
Przykłady roślin wykorzystujących allelopatię Allelopatia dodatnia fiołek polny, wyka na żyto cebula, kalarepa na buraka fasola, kukurydza, groch, rzodkiew, słonecznik na ogórka fasola, kukurydza, kapusta, chrzan, len na ziemniaka groch, sałata, cebula, por, pomidor na marchew kąkol, chaber bławatek, kukurydza na pszenicę koniczyna, lucerna na trawy lnicznik na len marchew, rzodkiew, truskawka, ogórek, szpinak na sałatę rośliny aromatyczne, ziemniak, seler, koper ogrodowy, szałwia, burak, cebula na rośliny kapustne rzeżucha na szarłat ziemniak, groch, fasola, ogórek, dynia, kabaczek, pszenica, bobik na kukurydzę ziemniak, marchew, ogórek, kapusta na fasolę Allelopatia ujemna cebula, czosnek pospolity, mieczyk na fasolę dynia, kabaczek, ogórek, słonecznik, pomidor, mak polny, komosa biała na