Natomiast allelopatia funkcjonalna występuje w sytuacji, gdy uwalnianie do środowiska substancje stają się toksyczne dopiero po ich uprzednim przekształceniu przez mikroorganizmy.
Substancje allelopatycznie aktywne Stanowią zróżnicowaną grupę związków organicznych – od prostych gazów (np. cyjanowodór HCN) poprzez związki alifatyczne aż do wielkocząsteczkowych (taniny). 250px|thumb|Schemat wzajemnych oddziaływań między roślinami wyższymi i mikroorganizmamiKołodziejczak-Nieckuła 1994. Wiedza i Życie, 11: 28-32, zmodyfikowane Pod względem charakteru oddziaływania allelopatiny można podzielić na stymulatory bądź inhibitory. Podział ten nie jest ostry, gdyż związki stymulujące wzrost roślin mogą w wysokich stężeniach pełnić funkcję inhibitorów, jak również związki uważane za inhibitory w niskich stężeniach mogą powodować stymulację niektórych procesów. Z kolei w celu rozróżnienia związków allelopatycznych, w zależności od organizmu wydzielającego (donora) lub odbierającego (akceptora), wprowadzono terminy: koliny – w przypadku oddziaływania roślin wyższych na rośliny wyższe fitoncydy (fitocydy) – gdy rośliny wyższe oddziałują na mikroorganizmy marazminy – gdy mikroorganizmy oddziałują na rośliny wyższe antybiotyki – gdy mikroorganizmy oddziałują na mikroorganizmy