Sereno i inni (1994) zaklasyfikowali go do rodziny Allosauridae, ale wiele innych autorów (Holtz, 1996; Holtz, 2000; Holtz i inni, 2004; Novas i inni, 2005; Yates, 2005) uważają go za bazalnego karnozaura. Holtz (1995) uznał monolofozaura za takson siostrzany dla aweteropodów. Carr (2006) uważa go za karnozaura, będącego kladem siostrzanym dla guanlonga, uważanego najczęściej za bazalnego tyranozauroida. Z analiz Bensona, Carrano i Brusatte (2010) oraz Bensona (2010) wynika, że Monolophosaurus był bazalnym przedstawicielem Megalosauroidea nienależącym do rodzin Megalosauridae, Spinosauridae ani Piatnitzkysauridae. Wreszcie z analizy Carrano, Bensona i Sampsona (2012) wynika, że Monolophosaurus był jednym z najbardziej bazalnych znanych tetanurów, nienależącym do Orionides (kladu obejmującego megalozauroidy, Avetheropoda, ich ostatniego wspólnego przodka i wszystkich jego potomków). Autorzy zastrzegli jednak, że wystarczy wydłużenie drzewa filogenetycznego o zaledwie jeden stopień w stosunku do najbardziej parsymonicznego aby uzyskać drzewo, na którym Monolophosaurus jest bazalnym megalozauroidem. Tak więc klasyfikacja tego teropoda nie jest do końca jasna.
Przypisy