Prawdopodobnie był w obozie wojsk szwedzko-brandenburskich w czasie bitwy pod Prostkami w październiku 1656. Za protekcją Bogusława Radziwiłła został w 1657 jednym z sekretarzy Fryderyka Wilhelma, elektora brandenburskiego.
W okresie późniejszym jako członek radykalnej części braci polskich miał chodzić z drewnianą szablą co stało się źródłem mitu o braciach polskich paradujących na sejmie właśnie z drewnianymi szablami. Był to jego sprzeciw wobec wszelkiego stosowania przemocy. Przypkowski nie uznawał również poddaństwa i pańszczyzny stąd dał wolność swoim chłopom. Później jednak zmienił zdanie i z powrotem ściągał chłopów do swojego majątku. Ten radykalny społecznie nurt nie dominował wśród samych braci polskich. Był też zwolennikiem tolerancji religijnej w Polsce, co uzasadniał różnorodnością narodów, języków, obyczajów i wiar występujących w RzeczypospolitejJanusz Tazbir: Polska na zakrętach dziejów. Warszawa 1997, s.6..
Po uchwale sejmowej z 10 lipca 1658, skazującej braci polskich na banicję z Rzeczypospolitej, Przypkowski osiadł na stałe w Prusach Książęcych;