W klasyfikacji końcowej turnieju uplasował się na 2. miejscu za Janne Ahonenem. 18 i 19 stycznia 2003 w Zakopanem odniósł dwa zwycięstwa, po czym zrezygnował z wyjazdu do Japonii na trzy konkursy w Hakubie i Sapporo. Wystartował dopiero 1 i 2 lutego 2003 na skoczni mamuciej w Tauplitz, zajmując tam miejsca drugie i pierwsze. Tydzień później na skoczni w Willingen wygrał pierwszy z konkursów, osiągając rekordową na skoczni K120 notę 328.2 punktu (dostał 9 „dwudziestek” za styl). Został wówczas liderem Pucharu Świata Następnego dnia w rozgrywanym w bardzo niestabilnych warunkach konkursie Hannawald zajął 36. miejsce. Na mistrzostwach świata w Val di Fiemme był 7. i 24., a w konkursie drużynowym reprezentacja Niemiec z Hannawaldem w składzie zajęła 4. miejsce.
W ostatnich pięciu konkursach nie odniósł już zwycięstwa (raz był 2. i raz 3.), co oznaczało spadek na 2. miejsce w klasyfikacji Pucharu Świata. Po raz trzeci w karierze zdobył Małą Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji lotów narciarskich.