Życie prywatne Janne Ahonen jest synem Maarit i Keijo. Matka zajmowała się sprzętem wędkarskim, a ojciec jest krawcem. Od siódmego roku życia Ahonen skacze w klubie Lahden Hiihtoseura.
27 listopada 2001 urodził się jego syn Mico Petteri Ahonen. 24 lipca 2004 ożenił się z matką swojego syna Tiią Jakobsson, z którą był zaręczony przez siedem lat. Ślub odbył się w XV-wiecznym kościele Panny Marii w Lahti. Przyjęcie weselne, na które przybyło około 150 osób, odbyło się w kompleksie rekreacyjnym Messilä. 9 czerwca 2008 urodził się jego drugi syn Milo.
mały|lewo|280px|Janne Ahonen w trakcie wyścigów Dragster na torze Hockenheim, sierpień 2010 Skokami narciarskimi interesował się już w dzieciństwie. Jego idolami byli Matti Nykänen i Jari Puikkonen. Ahonena uważa się za osobę o kamiennej twarzy, bardzo rzadko okazującą emocje, stąd pseudonim Maska. Ponadto w pierwszych latach kariery skakał z maską na twarzy. Słynie z zamiłowania do szybkiej jazdy, w 1995 roku został ukarany mandatem, za jazdę z prędkością przekraczającą prędkość dozwoloną o 115 km/h. Dzień po tym incydencie wygrał zawody w Lahti. Bierze udział w wyścigach samochodowych Drag Racing. We wrześniu 2004 został zwycięzcą klasyfikacji generalnej w mistrzostwach Finlandii i Skandynawii tych wyścigów. Największa prędkość, jaką osiągnął w tych zawodach to 307 km/h.