Podstawową metodą oznaczania jest immunofluorescencja pośrednia. Na jej podstawie wyróżnia się trzy typy fluorescencji przeciwciał przeciw cytoplazmie neutrofilów: c-ANCA – typ cytoplazmatyczny (widoczna jest fluorescencja całej cytoplazmy) p-ANCA – typ okołojądrowy (silniejsza fluorescencja wokół jądra komórkowego) a-ANCA – atypowe przeciwciała przeciw cytoplazmie neutrofilów Swoiste antygeny dla ANCA wykrywa się metodą ELISA. Przeciwciała c-ANCA reagują głównie z proteinazą 3 (przeciwciała PR3-ANCA). Przeciwciała p-ANCA reagują przede wszystkim z mieloperoksydazą (MPO-ANCA), rzadziej z elastazą, lizozymem, laktoferyną, katepsyną G i katalazą.
Występowanie w określonych jednostkach chorobowych c-ANCA ziarniniakowatość z zapaleniem naczyń p-ANCA mikroskopowe zapalenie naczyń eozynofilowe ziarniniakowe zapalenie naczyń gwałtownie postępujące kłębuszkowe zapalenie nerek reakcje wywołane lekami (tiamazol, penicylamina, hydralazyna) wrzodziejące zapalenie jelita grubego pierwotne stwardniające zapalenie dróg żółciowych autoimmunologiczne zapalenie wątroby układowe choroby tkanki łącznej (reumatoidalne zapalenie stawów, toczeń rumieniowaty układowy) infekcyjne zapalenie wsierdzia zakażenie HIV