Święte miejsce Indian Na terenie parku znajdują się miejsca święte zarówno dla dawnych, jak i współczesnych Indian z okolicznych plemion, wykorzystywane do indywidualnych modlitw i poszukiwania wizji, a także do grupowych ceremonii różnych plemiennych religii, składania darów i chowania zmarłych. W kwietniu 2006 roku w jednym z takich miejsc (nieujawnionych opinii publicznej) pochowano szczątki 1528 osób z plemion Nawahów, Zuni, Hopi i Pueblo oraz 4889 rozmaitych obiektów pogrzebowych, w tym wyrobów z koralików, koszyków i ceramiki, a także szczątki 26 osób, których przynależności plemiennej nie udało się ustalić. Wiek szczątków i przedmiotów datuje się na okres między 500 r. n.e. a 1300 r. n.e., a zostały wydobyte (po części nielegalnie przez poszukiwaczy skarbów i indiańskich artefaktów) na terenie Mesa Verde w okresie minionego stulecia. Był to pierwszy tego rodzaju pochówek na terenie parku od czasu uchwalenia ustawy o ochronie tubylczych grobów i repatriacji (NAGPRA) z 1990 roku.