W 2018 opublikowano nowy podział regionów geograficznych, zgodnie z którym Kotlina Kłodzka stanowi oddzielny mezoregion, niedzielący się na mikroregiony. Wcześniej należące do Kotliny Kłodzkiej mikroregiony: Wzgórza Rogówki zostały włączone do mezoregionu Góry Złote, natomiast Rów Górnej Nysy wydzielono jako odrębny mezoregion.
Czesi wydzielają swoją część Kotliny Kłodzkiej pod nazwą Králická brázda.
Budowa geologiczna Pod względem geologicznym obejmuje fragmenty następujących jednostek: metamorfiku kłodzkiego, struktury bardzkiej, masywu kłodzko-złotostockiego, niecki śródsudeckiej i rowu Górnej Nysy. Podłoże zbudowane ze skał metamorficznych oraz magmowych wieku paleozoicznego oraz częściowo z piaskowców permskich i górnokredowych, jest przykryte kenozoicznymi piaskami, żwirami, iłami, glinami oraz lessami.
Rzeźba terenu Rzeźba terenu jest zróżnicowana. Centrum Kotliny oraz część południową i zachodnią tworzy wysoczyzna z niewielkimi wzgórzami Forteczna Góra w Kłodzku, Czerwoniak wraz z głęboko wciętymi dolinami rzek – Nysy Kłodzkiej, Białej Lądeckiej i Ścinawki.