Latem 2003 Afek przeszedł do hiszpańskiego Racingu Santander, w którym spotkał dwóch rodaków, Dudu Aouate oraz Josiego Benajuna. W Primera División zadebiutował 25 października w przegranym 1:3 wyjazdowym meczu z Realem Madryt. W Racingu był jednak rezerwowym i wystąpił w 25 meczach, zdobywając 2 gole. Na sezon 2004/2005 został wypożyczony do drugoligowej Salamanki.
Latem 2005 Afek wrócił do kraju i został zawodnikiem Beitaru Jerozolima. Gdy w Beitarze menedżerem był Luis Fernández Afek grał mniej z powodu kłótni ze szkoleniowcem, a do składu wrócił dopiero za czasów trenera Osvaldo Ardilesa. W sezonie 2006/2007 Omri był jednym z filarów obrony Beitaru, a klub wywalczył mistrzostwo Izraela. Latem 2007 przeszedł do Maccabi Hajfa. Z kolei w 2009 roku został piłkarzem Bene Jehuda Tel Awiw.