Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Paragwaju Acuña zadebiutował 10 czerwca 1993 roku w przegranym 1:3 meczu z Meksykiem. W tym samym roku wystąpił z kadrą na turnieju Copa América 1993 i doszedł z nią do ćwierćfinału.
W 1998 roku Acuña został powołany do kadry na finały Mistrzostwa Świata we Francji. Zagrał tam we wszystkich 3 meczach grupowych – z Bułgarią (0:0), Hiszpanią (0:0) oraz Nigerią (3:1) – a następnie w przegranym 0:1 po dogrywce meczu 1/8 finału z Francją.
4 lata później Acuña wystąpił na Mistrzostwach Świata 2002. Na nich także był podstawowym zawodnikiem kadry paragwajskiej. Zagrał w 3 meczach grupy B – z RPA (2:2), Hiszpanią (1:3) oraz Słowenią (3:1). Natomiast w spotkaniu 1/8 finału z Niemcami, przegranym 0:1, otrzymał w 90. minucie czerwoną kartkę.
W 2006 roku Acuña zaliczył swój trzeci w karierze Mundial – Mistrzostwa Świata w Niemczech. Tym razem z rodakami nie wyszedł z grupy, zajmując w niej trzecie miejsce.