W 1982 Bakili Muluzi odszedł ze stanowiska ministra i wycofał się z polityki. Uzasadniał to zaangażowaniem się w prywatny biznes. W latach 80. XX w. był wiceprzewodniczącym Narodowej Izby Handlu. Do życia publicznego powrócił na początku lat 90. Opowiedział się wówczas za wprowadzeniem w kraju demokratycznej formy rządów. Pod naciskiem społeczeństwa i zagranicy, w czerwcu 1993 odbył się w Malawi plebiscyt, który zdecydował o wprowadzeniu systemu wielopartyjnego i wolnych wyborów. We wrześniu 1993 Muluzi założył własną partię polityczną, Zjednoczony Front Demokratyczny (UDF, United Democratic Front).
Prezydent Malawi 1994-2004 14 maja 1994 Bakili Muluzi wziął udział w pierwszych demokratycznych wyborach prezydenckich w Malawi. Zdobył wówczas 47% głosów (1,4 mln), pokonując prezydenta Hastingsa Bandę, który uzyskał 33,4% głosów (1 mln)Elections in Malawi, African Elections Database.. Pierwszym posunięciem Muluzego była amnestia dla wszystkich więźniów politycznych. W czasie swej pierwszej kadencji powołał do życia Biuro Antykorupcyjne, Komisję Prawną oraz urząd rzecznika praw obywatelskich.