W katedrze pochowano m.in. biskupów pomezańskich, wielkich mistrzów krzyżackich Wernera von Orseln (1330), Ludolfa Königa (1348) i Heinricha von Plauena, bł. Dorotę z Mątowów (1394), jej spowiednika i wybitnego teologa Jana z Kwidzyna oraz Ottona Friedricha von Groeben, pierwszego pruskiego eksploratora Afryki. Odnowioną kryptę wielkich mistrzów udostępniono dla zwiedzających 31 lipca 2010 r. Odkryte w trakcie badań archeologicznych komory grobowe nie zostały ponownie pokryte kamienną posadzką, lecz taflami hartowanego szkła, pod którymi w miejscach pochówku wielkich mistrzów umieszczono w trumnach manekiny ubrane w szaty i płaszcze, tuż obok których znajdują się relikwiarze ze szczątkami każdego z nich oraz zbiorowa skrzynka z prochami 4 lub 5 biskupów pomezańskich.
Cela bł. Doroty, w której dała się zamurować za życia, w rzeczywistości znajdowała się w innym miejscu – być może w dolnej części wieży lub w północnej części prezbiterium. Poszukiwania grobu błogosławionej, prowadzone m.in. za pomocą georadaru, zakończyły się niepowodzeniem.