W 1918 udało mu się wyjechać do Warszawy, gdzie powierzono mu stworzenie Wydziału Rybackiego w Centralnym Towarzystwie Rybackim. Na powstającej Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego otrzymał wówczas etat docenta, a także zorganizował Zakład Ichtiologii. Od 1920 był tam profesorem, w 1923 reaktywował działalność stacji rybackiej w Rudzie Malenieckiej, która stała się ekspozyturą Zakładu Ichtiobiologii SGGW. W latach 1920–1930 był dziekanem Wydziału Rolnego, od 1928 był konsultantem Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych do spraw rybactwa, zasiadał w zespole opracowującym ustawę o rybołówstwie. W 1932 otrzymał etat docenta na Politechnice Warszawskiej. Od listopada 1940 prowadził „Prywatną Szkołę Rybacką II stopnia dr Franciszka Staffa”, w której poza oficjalnie prowadzonym profilem dwuletniego liceum prowadzono tajne nauczanie zgodnie z programem SGGW oraz konspiracyjną szkołę dla podchorążych saperów. Po upadku powstania warszawskiego zamieszkał w Krakowie, ale po zakończeniu działań wojennych w styczniu 1945 powrócił do Warszawy. Od 1945 do 1947 pełnił funkcję rektora SGGW, funkcję kierownika Katedry Ichtiologii i Rybactwa pełnił do przejścia na emeryturę w 1960. W 1961 otrzymał tytuł doktora honoris causa Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie50 lat Wydziału Rybactwa Morskiego i Technologii Żywności.