2 marca 2009 prezydent Vieira zginął w czasie ataku wojskowego na pałac prezydencki. Posiadłość prezydenta została zaatakowana przez grupę zbuntowanych żołnierzy. Zgodnie z konstytucją funkcja pełniącego obowiązki szefa państwa przypadła przewodniczącemu parlamentu Raimundo Pereirze. W wyborach prezydenckich 28 lipca 2009 roku zwyciężył Malam Bacai Sanhá z PAIGC. Na stanowisku pozostał do śmierci 9 stycznia 2012 roku, w tym czasie udało mu się opanować dwa zamachy stanu zorganizowane przez wojsko. Pełniący obowiązki prezydenta Raimundo Pereira i były premier Carlos Gomes Júnior zostali 12 kwietnia 2012 roku uprowadzeni przez zbuntowaną armię, która podjęła się kolejnej próby zamachu stanu. Kolejne wybory prezydenckie odbyły się w 2014 roku. Zwycięstwo w nich odniósł José Mário Vaz z PAIGC. W kolejnych wyborach w 2019 roku zwyciężył Umaro Sissoco Embaló z opozycyjnego Madem G15. Embaló jest pierwszym w historii prezydentem Gwinei Bissau, który wygrał wybory prezydenckie bez poparcia PAIGC.
26 listopada 2025 grupa oficerów ogłosiła przejęcie władzy, obalając rządy prezydenta Embaló. Oficjalną przyczyną zamachu stanu według junty miała być opresyjność i bezradność władz wobec przemytu używek, głównie kokainy. Wkrótce po puczu Umaro Sissoco Embaló został aresztowany.