W 1831 Alexander Hare opuścił wyspy, a rodzina Clunies-Ross objęła w posiadanie całe wyspy ustanawiając na nich swoje feudalne lenno.
W 1836 do atolu przybił okręt HMS „Beagle”, na którego pokładzie przebywał młody przyrodnik Charles Darwin. Jego pobyt na atolu pozwolił na potwierdzenie teorii o powstawaniu atoli.
Wielka Brytania formalnie anektowała wyspy w 1857, po czym przyłączyła je do swoich azjatyckich kolonii. W praktyce na wyspach jednak nic się nie zmieniło. W 1886 królowa Wiktoria przekazała wyspy w wieczystą dzierżawę rodzinie Clunies-Ross, a wyspy włączono w skład terytorium Straits Settlements. W roku 1903 wyspy przekazano pod zarząd kolonii Singapur.
9 listopada 1914 w trakcie I wojny światowej u wybrzeży Wysp Kokosowych rozegrała się bitwa morska, zwana bitwą koło Wysp Kokosowych, w której zatopiony został niemiecki krążownik SMS „Emden”.
W czasie II wojny światowej wyspy przeszły pod wojskową administrację Cejlonu. W maju 1942 roku na wyspie miał miejsce bunt 15 członków garnizonu.