W 1419 w mieście doszło do słynnej defenestracji katolików (wojny husyckie), zaś w 1618 roku podobne wydarzenie (wyrzucenie przez okno namiestników cesarza) stało się bezpośrednią przyczyną wojny trzydziestoletniej. W wyniku klęski czeskich protestantów na Białej Górze w 1620 Praga jako stolica Królestwa Czech i całej Korony Czeskiej utraciła swoje znaczenie i przez długie lata pozostawała w cieniu Wiednia. W tym też okresie społeczność niemieckojęzyczna odgrywała w mieście (niem. ) rolę dominującą, zaczęło się to zmieniać dopiero w XIX wieku, podczas czeskiego odrodzenia narodowego.
W 1741 roku Pragę zajęły wojska Saksonii, Bawarii i FrancjiIsabel Heitjan: In: Nr. 89, 5. November 1968 (= Band 62), S. 2863–2868, hier: S. 2866.. W 1744 r. podczas II wojny śląskiej Pragę po dwutygodniowym oblężeniu zdobyli Prusacy, jednak w 1745 roku w pokoju drezdeńskim Austria zdołała potwierdzić swoje panowanie nad Czechami. W dniu 6 maja 1757 roku podczas wojny siedmioletniej doszło do bitwy pod Pragą, w której zwycięstwo odnieśli Prusacy, którzy jednak nie zajęli miasta.