Struktura organizacyjna Kierownictwo SOE składało się z 16-osobowej Rady: dyrektorów i ich zastępców, doradców i asystentów reprezentujących wszystkie służby i regiony. Wewnątrz SOE funkcjonowały trzy zarządy: dyrektor finansowy, zarząd ds. łączności, zarząd ds. badań, rozwoju, zaopatrzenia. Ponadto SOE miało pięciu dyrektorów terytorialnych, odpowiadających za podległe im obszary: londyński, obszar Francji, Holandii, Belgii, obszar Morza śródziemnego, Kair, Bliski Wschód, obszar Bałkanów oraz obszar "MN", tj. Polska i Czechosłowacja.
Ponadto SOE dzieliło się na trzy piony: SO-1 (propaganda), SO-2 (operacje) oraz SO-3 (planowanie). W 1941 z SOE wyodrębniono SO-1, oraz SO-2, tworząc oddzielne Kierownictwo Wojny Politycznej (Political Warfare Executive).
Sekcje narodowe Sztabowi Regionalnemu SOE w Londynie, odpowiadającemu za działania na terytorium Europy, podlegały sekcje narodowe: francuska RF – współpracowała z ruchem oporu Wolnej Francji (Francais Libres) generała de Gaulle’a, francuska F – współpracowała z pozostałymi francuskimi środowiskami niepodległościowymi, polska EU/P – wspierała działania Akcji Kontynentalnej w środowiskach Polonii, głównie we Francji, Belgii, Holandii i Luksemburgu, m.in. potajemnie przerzuciła do Wielkiej Brytanii ok. 1,5 tys.