Dopiero w 1902 r. TT zdecydowało się odbudować Dworzec Tatrzański. Otwarcie nowego, murowanego budynku miało miejsce 1 lipca 1903 r. (według projektu Wandalina Beringera, który zaprojektował go w stylu zakopiańskim). Jednakże Dworzec Tatrzański jako ośrodek kultury podupadł. Jego rolę przejął wybudowany w 1901 roku hotel „Morskie Oko”, w którego sali teatralno-balowej odbywała się większość imprez kulturalnych Zakopanego. W samym Dworcu Tatrzańskim w latach 1914–1939 działała restauracja z werandą (weranda została rozebrana w czasie II wojny światowej). Stała się ona ulubionym miejscem spotkań artystów i taterników. W sali konferencyjnej Dworca odbywały się walne zebrania m.in. TT, PTT oraz TOPR (od pierwszego zebrania w 1909 roku poczynając).

Po II wojnie światowej gmach stał się siedzibą Oddziału Tatrzańskiego PTTK oraz (do 1986) Grupy Tatrzańskiej GOPR, do 1990 r. działał tu Klub Turysty.

W 1992 r. pożar ponownie zniszczył część budynku, odbudowany rok później nadal jest siedzibą Oddziału Tatrzańskiego PTTK. Pozostałe pomieszczenia przeznaczono m.in.