W kampanii wrześniowej w okolicach Kocka działała Samodzielna Grupa Operacyjna „Polesie” pod dowództwem gen. Franciszka Kleeberga, a pod samym miastem stoczona została ostatnia bitwa tej kampanii. Starcie SGO Polesie z niemieckimi 13. DP Zmot. i 29. DP Zmot. nastąpiło w dniach 2–6 października 1939 roku. Okupacja przyniosła masową deportację żydowskich mieszkańców do obozów zagłady (głównie do Treblinki).
W Kocku i w jego najbliższych okolicach działał ruch oporu. Żołnierze Armii Krajowej przeprowadzili w czasie trwania okupacji niemieckiej wiele akcji dywersyjno-sabotażowych. Wyzwolenie miasta nastąpiło 22 lipca 1944 roku, kiedy to batalion 27 Wołyńskiej Dywizji AK pod dowództwem por. wkroczył do miasta.
29 stycznia 12 Polowy Ruchomy Szpital Chirurgiczny rozpoczął przegrupowanie z Kąkolewnicy do Kocka, gdzie przeszedł chrzest bojowy podczas rozwinięcia jednostkiOficjalna strona szpitala.