Kompilacja So Far… osiągnęła kilkumilionowy nakład i jest jedną z najlepiej sprzedających się płyt w jej dyskografii.
W 2000 ukazał się jej kolejny album, Faith and Courage, a dwa lata później folkowa płyta Sean-Nós Nua, z tradycyjnymi irlandzkimi utworami. W 2003 wydała album She Who Dwells in the Secret Place of the Most High Shall Abide Under the Shadow of the Almighty, ogłaszając, że tym samym kończy swoją karierę.
W 2005, wbrew wcześniejszym zapewnieniom o zakończeniu kariery, wydała kolejny studyjny album, Throw Down Your Arms, utrzymany w stylistyce reggae. W czerwcu 2007 ukazała się jej kolejna płyta, Theology. Oba albumy były wydawnictwami dwupłytowymi. 16 lipca 2007 piosenkarka wystąpiła w Poznaniu w ramach festiwalu Malta.
W 2012 ukazał się dziewiąty album Sinéad O’Connor, How About I Be Me (and You Be You)?, który w tekstach zawartych na nim utworów poruszał takie tematy jak seksualność, religia, nadzieja i rozpacz. Z kolei dwa lata później, w sierpniu, do sprzedaży trafił dziesiąty album wokalistki, I’m Not Bossy, I’m the Boss, pod kątem artystycznym zainspirowany kampanią na rzecz wzmocnienia pozycji kobiet , a muzycznie zorientowany na rock i melodyjne brzmienia.