Wojny napoleońskie W 1806 Jan Skrzynecki wraz ze swym bratem udali się do Warszawy, a następnie do Łowicza, gdzie w grudniu tegoż roku obaj zaciągnęli się do 1 pp formującej się wówczas Armii Księstwa Warszawskiego. Jan Skrzynecki szybko awansował; w styczniu 1807 na stopień sierżanta, w lutym na starszego sierżanta, w marcu na podporucznika, zaś 28 kwietnia mianowany został porucznikiem. Walczył w bitwach pod Pułtuskiem, Gołyminem i Pruską Iławą.
Następnie w 1809 w czasie wojny polsko-austriackiej służył wraz z bratem w korpusie księcia Józefa Poniatowskiego, brał udział w obronie Sandomierza, a także w starciach pod Raszynem oraz Ostrówkiem. Za tę ostatnią potyczkę otrzymał Krzyż Złoty Orderu Virtuti Militari.
Po zakończeniu walk na okres kilku miesięcy został adiutantem w sztabie generała Jana Henryka Dąbrowskiego. W czerwcu bądź lipcu 1809 awansował na kapitana i został przeniesiony do 16 pp. W 1811 u księcia Adama Czartoryskiego zabiegał o skierowanie do służby dyplomatycznej.