Jako premier Premierem Indii została w 1966 roku. Kongres podzielił się wtedy na dwie frakcje socjalistów skupionych wokół Gandhi oraz bardziej konserwatywnych działaczy skupionych wokół Morarji Desai. Tarcia wewnątrz Kongresu spowodowały w wyborach w 1967 roku utratę 60 miejsc w 545-osobowym Lok Sabha. W 1969 roku po sporach z Desai Kongres uległ rozłamowi, a Gandhi utworzyła nową partię. Jej rząd popierany był przez partie socjalistyczne i komunistyczne. Istniał przez dwa lata, a w czasie jego trwania, w lipcu 1969 roku, udało się mu znacjonalizować banki. W 1971 roku Gandhi została ponownie wybrana. Wygrana wojna z Pakistanem w grudniu tego samego roku wzmocniła pozycję jej rządu, a indyjska interwencja we Wschodnim Bengalu pozwoliła miejscowym separatystom na ukoronowanie 9-miesięcznej wojny o niepodległość powstaniem niepodległej republiki Bangladeszu.
Polityka zagraniczna thumb|Gandhi i przywódca Rumunii Nicolae Ceaușescu