Przez krótki czas uczęszczała także do Middle Tennessee State University, gdzie miała studiować teorię muzyki oraz komponowanie, porzuciła jednak dalszą edukację by skupić się na grupie Evanescence.
W wywiadzie przeprowadzonym dla AOL Music Lee stwierdziła, że pierwsze skomponowane przez nią utwory jakie pamięta to „Eternity of the Remorse” oraz „A Single Tear”. Pierwszy napisała w wieku 11 lat, drugi zaś jako pracę na zaliczenie w ósmej klasie.
Kariera Evanescence mały|lewo|Amy Lee podczas Billboard Music Awards w 2003 roku. W 1995 Amy Lee założyła wraz z Benem Moody grupę Evanescence. Poznali się oni na kościelnym obozie młodzieżowym, Moody usłyszał Lee grającą na fortepianie utwór Meat Loaf pt. „I’d Do Anything for Love (But I Won’t Do That)”. Początkowo próby odbywały się w mieszkaniach Moody’ego. Niedługo później para młodych muzyków zaczęła występować z akustycznym repertuarem w księgarniach i kawiarniach w Arkansas. W późniejszym czasie Lee wraz z Moodym nagrała dwa minialbumy, Evanescence EP (1998) oraz Sound Asleep EP (1999), sprzedawane były one przy okazji lokalnych występów. W roku 2000 Evanescence zarejestrowała kolejny minialbum, Origin. Zawierał on trzy utwory zawarte później na debiutanckim albumie Fallen: „Whisper”, „Imaginary” oraz „My Immortal”.