Synagogę ulokowano, podobnie jak Starą Synagogę, w podwórzu kamienic mieszkalnych przy ulicy Żydowskiej 17–20. Przylegała ona swoją południową ścianą do północnej ściany babińca Starej Synagogi. Nieuniknionymi elementami historii zabudowy poznańskiej dzielnicy żydowskiej były liczne powodzie i pożary. Pierwszy z nich wybuchł 16 marca 1717 roku we wnętrzu Nowej Synagogi i strawił większość przechowywanych w niej ksiąg i dokumentów. W 1735 roku, do jej północno-wschodniego narożnika dobudowano Synagogę Nehemiasza. Rok później, w 1736 roku, na skutek ulewnych deszczów Warta wystąpiła ze swojego koryta i zalała znaczną część miasta, w tym zespół trzech synagog i 34 domy mieszkalne przy ulicy Żydowskiej. Prawie 30 lat później, w 1764 roku, zespół synagog i 76 domów żydowskich uległo zniszczeniu podczas wielkiego pożaru miasta.
Kolejny pożar miasta z 1803 roku poważnie zniszczył Starą i Nową Synagogę. Wyremontowane zostały dopiero w 1858 roku. Zabezpieczono wtedy pękające mury i stropy, wymieniono podłogę, skierowano ławki na wschód i zamontowano oświetlenie gazowe. Mimo to, w 1880 roku Policja Budowlana planowała zamknięcie obu bożnic.