W maju 1969 r. zamknięto obiekt i wystawę z uwagi na zły stan techniczny budynku, po czym przeniesiono część eksponatów do tymczasowej sali przy Klubie Marynarki Wojennej, a ekspozycje plenerową broni i uzbrojenia morskiego umieszczono przy Bulwarze Nadmorskim.
Jednym z ciekawszych eksponatów jest jedyny zachowany na świecie egzemplarz niemieckiej bombotorpedy o napędzie rakietowym BT 1000 z II wojny światowej.
28 listopada 2012 odbyło się uroczyste otwarcie nowej, obecnej siedziby muzeum w gmachu współdzielonym z Muzeum Miasta GdyniOtwarcie Muzeum Marynarki Wojennej, Trojmiasto.pl.
W listopadzie 2018 z okazji 100-lecia Marynarki Wojennej otwarto nową, multimedialną wystawę stałą. Planowane jest dobudowanie podziemnej części placówki w miejscu skansenu Ekspozycji Plenerowej Broni i Uzbrojenia MorskiegoMuzeum Marynarki Wojennej w Gdyni otwarte dla zwiedzających. A w planach rozbudowa.
24 marca 2025 udostępniono zwiedzającym nowy obiekt Muzeum MW, okręt podwodny ORP Sokół.