W marcu 1945 roku dołączył do Stronnictwa Ludowego „lubelskiego” i został prezesem Naczelnego Komitetu Wykonawczego partii. W czerwcu 1945 roku brał udział w negocjacjach dotyczących powołania Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej. Od lipca tego samego roku brał udział w rozmowach dotyczących zjednoczenia Stronnictwa Ludowego „Roch” i SL. We wrześniu 1945 roku został usunięty ze stanowiska prezesa NKW i wydalony z partii wraz zgrupą swoich zwolenników, nazywanych „grupą Bańczyka”. Przez pewien czas podejmował działania zmierzające do powołania własnego stronnictwa chłopskiego. 6 listopada 1945 roku, w dniu pogrzebu Wincentego Witosa, wraz z innymi działaczami dołączył do Polskiego Stronnictwa Ludowego. Od 21 stycznia 1946 do 15 listopada 1947 był wiceprezesem opozycyjnego PSL. W Sejmie Ustawodawczym pełnił funkcję zastępcy przewodniczącego klubu poselskiego PSL i sejmowej Komisji Zdrowia.